„Св.Архангели Михаил и Гавриил” е най-старата църква във вътрешността на манастирския комплекс. Останала е от основаването на манастира. Тя е двуетажна църква, каквито се срещат по това време, макар и не много често. Първият етаж е засводена галерия, която, както показаха разкопките в началото на 80-те год. на ХХв., е била свързана с по подобен начин решения нартекс на старата Бакурианова църква. До настоящия необичаен вид се е стигнало при построяването на сегашната главна църква в 1604г., когато олтарната апсида на „Св.Архангели” бива вписана в притвора на главната. Двете църкви се оказват свързани и „Св.Архангели” се явява в известна степен и като надвратна църква на по-голямата „Успение на св.Богородица” – западният вход на последната е точно под олтарната част на „Св.Архангели”. Самият храм посветен на арх.Михаил и арх.Гавриил е на втория етаж и е от типа кръстокуполни еднокорабни църкви. Размерите му са: 10х7м. Към църквата вероятно по-късно е бил добавен сегашният малък притвор и тя също така изглежда е била свързана с някакъв мост или платформа със западното крило на манастира и е служила като зимна църква.
В нея е запазен стенопис от 1843г., също от майстор Моско Одринчанин. Под него има още няколко слоя неразкрити стенописи, изключение прави един малък участък с открито при ремонта на прозореца изображение на цъфтящ кръст, вероятно от ХІ-ХІІв.
Пространството на колонадата на първия етаж – надлъжният цилиндър и дъгите на арките са покрити със стенописи от 1841г., правени от Захари Зограф. Онагледени са някои от известните притчи на Новия завет – за Бедната вдовица, Бедния и богатия Лазар, Жениха и невестите и някои други. Всички изображения са били заплатени с дарения от жителите на околните на Асеновград села. Върху вътрешната страна на югозападната колона в цял ръст е изобразен Алексий І Комнин, императорът, според някои източници, е бил първият ктитор на храма. В същото пространство, точно пред западната врата на главната църква, в 1905г. са направени разкопки и са открити два гроба с кости, за които се приема, че са на патриарх Евтимий, по-късно находката е разкритикувана. Намереният надпис с името на Евтимий не отговаря на правописните норми от началото на ХІVв., костите са от няколко скелета. Най-вероятно става дума за препогребване по време на голямата реконструкция на манастира в началото на ХVІІв. Това, разбира се, не изключва възможността, между тях да има и кости на светия патриарх.
