През 30-те години на ХХв. по-старите и ценни манастирски икони, утвари, одежди и други принадлежности, неизползвани повече в богуслужението, са събрани в колекция, положила основите на настоящия манастирски музей. От 2007г. сбирката е подредена в нови помещения в Южния двор специално пригодени за целта. Забележителни са сбирките от покритите с миниатюрна дърворезба кръстове, наборите за причастие, „Венецианската” дарохранителница, майсторски живописваните и богато обковани икони, сбирката от народни накити – свидетелство за благодарността и дарителската посветеност на вярващия народ пред Чудотворната икона на манастира.
През 2022г. към експозицията на музея бе добавена обновена иконна зала, където бе представена иконната сбирка на манастира. Изложените икони са от ХІІІ-ХІХвв. като по-голямата част от тях са успешно реставрирани и дават възможност за запознаване, както с майсторството на старите иконописци, така и с стиловото развитие на православната икона.
Интересен пример за влиянията между художниците, е иконата от ХVІІв., изобразяваща мъченичеството на св. св. Кирик и Юлита, иконата е най-вероятно с произход от о. Крит, намиращ се дълго време под венецианска власт, и е изпълнена в стила на венецианската живопис.
Друга икона, говореща за връзките между православните обители в миналото е иконата на „Св. Богородица Кикоска”, възпроизвеждаща известната чудотворна икона от манастира „Кикос” на о. Кипър. Иисус Христос е представен в от дясната страна на св. Богородица, като весело играещо дете.
Образци за високохудожествено изпълнение са също и иконите на Христос Пантократор, св. Петка, св. Архангел Михаил Защитник и др.
Входът в музея е 3 евро, без ДДС.
